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我们上一集说到北府和西府两股政治力量的关系，也说到桓温和谢安这两个比较重要的人物。谢安为了阻止桓温的篡权，就拥立了孝武帝。

但是这个孝武帝也是个扶不起的人，把所有的工作都扔给了司马道子。而司马道子，也贪图享乐不做正事。这样一来，民间对朝廷的不满慢慢累积起来，而且社会也陷入混乱。

就是在这样的情况下，爆发了孙恩领导的宗教叛乱，东晋王朝的中心地区长江下游受到了严重的破坏。

孙恩的叔叔孙泰，是五斗米道的领袖。五斗米道又叫天师道，是东汉末年由张陵创立的道教宗派，他们声称人之所以会生病是因为自己犯了罪，要服务他人来给自己赎罪。五斗米道一直在汉中和四川地区传播，后来张鲁归顺了曹操，因此五斗米道又扩张到了东部地区，并且在贵族中也比较流行。

孙泰据说会一些法术，因此吸引了很多的民众。他要求教徒把自己的财产子女都捐给五斗米道。因为社会不太平，所以五斗米道的教徒急剧增长，而且司马道子的儿子司马元显也是五斗米教徒，这也能说明五斗米道在贵族阶层的渗透能力。

随着五斗米道的崛起，加上孙泰认为东晋气数已尽，因此孙泰便打算发起叛乱。但是司马道子意识到了孙泰的企图，杀死了孙泰。然而，孙泰的侄子孙恩决定继续造反。

孙恩会对信徒进行精神控制。每当有信徒病死，孙恩就说，恭喜你成仙了。人们认为死代表着成仙，因此孙恩身边就有了一批不要命的人。

公元399年，孙恩发起了数十万人规模的起义，攻占了三吴之地。起义的过程非常变态，比如有的女信徒带着婴儿，行军不便，这些妈妈就把婴儿扔到水里，说你先成仙去，我之后来找你。

孙恩的军队直逼建康，首都陷入紧急状态。北府领袖刘牢之的部下刘裕等人奋力击退了五斗米道的进攻。不过这时候，北府和西府这两股势力的结构又显现出来了。桓温的儿子桓玄这时候镇守荆州，他借着这个机会率军沿长江直下。表面上是为了保卫建康，但实际上当然还是为了篡位。